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A
B
Base-Stacking	Die Basenpaare tragen in zweierlei Hinsicht zur Stabilisierung der DNA-Doppelhelix bei. Einmal durch die Ausbildung von Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den komplementären Basen und durch Wechselwirkungen zwischen den Elektronen aufeinander folgender Basenpaare. Jedes Basenpaar ist an zwei Interaktionen beteiligt, die mit dem vorausgehenden und dem im Strang folgenden Basenpaar eingegangen werden.
D
Domäne	Eine Proteindomäne ist die kleinste Einheit mit einer definierten und unabhängig gefalteten Struktur. Proteindomänen bestehen meist aus 50-150 Residuen und führen häufig individuelle Reaktionen aus, deren Zusammenwirken die Gesamtfunktion eines Proteins ausmacht.
E
Entropie	Shannon hat in seiner Informationstherorie den Begriff Entropie definiert. Die Entropie H einer diskreten Zufallsverteilung P = ( p1, p2, ... pn ) ist
	n   H(P) = - pi log pi   i=1
	Ist die Basis des Logarithmus 2, so wird die Entropie in der Einheit bit angegeben. Die Entropie misst die Information, die durch ein Ergebnis gewonnen wird. Die relative Entropie zwischen zwei Verteilungen P = ( p1, p2, pn ) und Q = ( q1, q2 ,... qn ) ist definiert durch
	n   H(P, Q) = pi log (pi / qi)   i=1
	Die relative Entropie wird auch Crossentropie genannt und wird als Maß für die Distanz zwischen P und Q betrachtet. Je unähnlicher P und Q, desto größer die relative Entropie. Sie ist auch der Erwartungswert des log-likelihood-ratios.
F
freie Energie	Die 3D-Struktur von Proteinen und z. B. auch von RNA wird im wesentlichen durch nicht kovalente Kräfte determiniert. Hierzu gehören Wasserstoffbrückenbindungen, hydrophobe Wechselwirkungen und elektrostatische Interaktionen. Die freie Energie ΔG ist der Energieunterschied zwischen dem gefalteten (N = nativ) und dem ungefalteten (R = random) Zustand. d.h. ΔG = GN - GR. Für native Proteine ist ΔG negativ, da der gefaltete Zustand energetisch günstiger ist.
G
Genom	Gesamtheit der Gene, Signalstrukturen und der DNA-Bereiche, denen noch keine Funktion zugeordnet werden kann. Die komplette DNA einer Spezies wird ebenfalls Genom genannt.
H
Hash-Verfahren	Das Hashing ist eine Speicherungs- und Suchmethode, bei der die Adresse eines Datensatzes a aus dem zugehörigen Schlüssel k errechnet wird. Die Hash-Funktion h: K -> A bildet die Menge der Schlüssel K auf die Menge der Adressen A durch eine möglichst einfache arithmetische Operation ab. Deshalb sind Hash-Verfahren sehr effektiv. Zur Suche nach einem Datensatz ist lediglich h(k) zu berechnen. Wird die Hash-Funktion nicht geeignet gewählt, kann es bei großen Schlüsselmengen zu Kollisionen kommen. D.h. mehrere Schlüssel verweisen auf die selbe Adresse.
Homologie	beschreibt die Ähnlichkeit zwischen Strukturen, die durch gemeinsame Information aus einem Informationsspeicher zustande kommt. Eine Voraussetzung für Homologie ist Informationsübertragung. Beispielsweise können Gewebe oder Verhaltensweisen homolog sein. Makromoleküle sind homolog, wenn sie von einem Vorgängermolekül abstammen. Objekte sind entweder homolog oder sie sind es nicht. Die Aussage, zwei Sequenzen seien zu x Prozent homolog, ist falsch. Richtiger sind derartige Charakterisierungen in Form von Angaben zum Anteil identischer oder ähnlicher Residuen.
O
Operon	Eine Genstruktur, die in Bakterien und Archaeen vorkommt. Ein Operon besteht aus mehreren Genen, die zusammen in eine einzige mRNA transkribiert werden. So werden mehrere, unterschiedliche Polypeptide von einem einzigen mRNA Strang translatiert. In einem Operon sind häufig Proteine kodiert, die funktionell gekoppelt sind. Beispiel: Das Lac-Operon von E. coli. Gene eines Operons sind häufig sind nur durch wenige Nukleotide von einander getrennt, oder überlappen in manchen Fällen.
S
Schmelzen	Die beiden Stränge der DNA trennen sich, wenn die Wasserstoffbrückenbindungen zwischen komplementären Basen gelöst werden. Diesen Vorgang nennt man Denaturierung oder Schmelzen. Das Schmelzen kann leicht bei der Temperaturerhöhung einer wässrigen Lösung von DNA-Molekülen beobachtet werden. Mit zunehmender Temperatur erhöht sich der Anteil einzelsträngiger DNA in der Lösung. Diese wiederum absorbiert Licht der Wellenlänge 260 nm etwa 1.4-fach stärker als doppelsträngige DNA. Daher kann durch Verfolgen der Absorption bei 260 nm der Anteil einzelsträngiger DNA bestimmt werden.